El origen de Almogía es remoto; se han hallado vestigios de algunas pinturas rupestres de edad prehistórica; también se han encontrado restos de la presencia romana en varios puntos de la villa, y algo de presencia turdetana, pero no es hasta la dominación musulmana cuando se cree que se creó el núcleo de población actual alrededor de su castillo. El nombre de Almogía en el idoma árabe andalusí y romance hispánico era Al-Mexia, que quiere decir "La Hermosa". Su privilegiada situación debió concederle un gran valor estratégico y comercial en la antigüedad como parecen indicar los restos de una calzada romana. Fue importante enclave en la época musulmana. ya que desempeñó un papel fundamental en la defensa del Bobastro de Málaga. La villa fue entregada a Isabel la Católica en mayo de 1487. Los moriscos de Almogia participaron en la rebelión de 1570. Al ser derrotados, fueron expulsados, quedándose despobladas las tierras que fueron repobladas con cristianos viejos procedentes de las poblaciones de Teba y Antequera, en aquel entonces pertenecientes al reino de Sevilla. Durante la guerra de la Independencia contra la Francia napoleónica, Almogía y su castillo fueron invadidos por las tropas napoleónicas que lo destruyeron en su huida.

Importancia de la calzada que pasaba por Almogía enlazando a Málaga con el centro de la península, con presencia de diversos puentes históricos utilizados en la época para fines carcelarios.